Na mocy rozkazu cara Aleksandra II z dnia 20 czerwca 1869r. Szkoła Główna została zlikwidowana. W to miejsce powołano Cesarski Uniwersytet Warszawski z językiem urzędowym i wykładowym rosyjskim. Próby rusyfikacji powodowały bunty studentów, co z kolei skutkowało represjami z czasowym zamykaniem Uniwersytetu włącznie. Ostatnie zawieszenie czynności Uczelni trwało trzy i pół roku. Nauki wznowiono 11 września 1908r., ale bojkot Uniwersytetu i zamieszki trwały nadal. Organizację Uczelni władze starały się dostosować do systemu uniwersytetów rosyjskich, czego jednak nie udało się uzyskać w pełni. Na czele Uniwersytetu stał Rektor powołany przez ministra oświaty i zatwierdzany przez cara, przewodniczył Senatowi i zarządowi Uczelni. Na Uniwersytecie funkcjonowały także: sąd, kancelaria, Biblioteka Główna, oraz wydziały – Historyczno – Filologiczny, Matematyczno – Fizyczny, Prawny i Medyczny. Wydział Lekarski znalazł się w bardzo trudnej sytuacji lokalowej. Budynek przy ul. Zgoda, w którym odbywała się część wykładów, był niewygodny; kliniki znajdujące się w różnych punktach miasta nie były przystosowane do pełnienia swoich funkcji. Dodatkowym utrudnieniem były nieporozumienia pomiędzy administracją szpitala św. Ducha i Dzieciątka Jezus, a władzami Uniwersytetu. Dopiero w ostatnich latach XIX w. niektóre zakłady otrzymały większe i nowocześniejsze lokale. Siedzibą Wydziału Lekarskiego był budynek z prawej strony Biblioteki Głównej przy Krakowskim Przedmieściu, część klinik przy ul. Teodora, a pozostałe w szpitalach miejskich: Dzieciątka Jezus, św. Ducha, św. Jana Bożego i św. Łazarza. Wykładowcami początkowo byli profesorowie polscy, później Wydział Lekarski uległ całkowitej rusyfikacji.

Ostrowska T. Dzieje studiów lekarskich w Warszawie (1789 – 1944). W: Dzieje I Wydziału Lekarskiego Akademii Medycznej w Warszawie (1809 – 2006), t.1. Red. Krawczyk M. Lublin 2007, s. 22-26.